北京大学对我校的支持与帮助是从我校建校初期就开始的，在我校建校初期，北京大学积极响应党中央国务院的号召，精心选拔一批优秀教师和学科带头人来内蒙古大学执教。当时的北京大学教授，著名的生物学家，中国科学院学部委员李继侗先生来校执教并担任副校长。在建校时仅有的六个系中，有四个系的系主任来自北京大学，这些教师为内蒙古大学的发展奠定了坚实的基础。40多年来，北京大学不断为我校提供支持和援助，两校之间合作交流日益广泛，友谊也不断加深。
1993年两校之间签定了进一步加强校际合作协议书，之后，我校已有60名青年教师在北京大学攻读学位，其中8人攻读博士学位，52人攻读硕士学位。在1998年两校进一步协商之后，2000年达成协议，结成手拉手协作学校，实施手拉手协作项目计划以来，北大多位专家学者应邀来校举办专题讲座，还有数学、电子专业教师到我校直接授课；北京大学为我校援建了2个多媒体教室，还免费转让了北大新开发的校园管理软件；2000年到2003年的三年里，内大将安排10名青年教师到北大攻读博士学位，安排20名教师到北大进修，同时担任北大相关课程的辅导教师，并参与相关的科研工作；从1996年开始，北大每年接收内大推荐的10名左右优秀本科生直接进入北大攻读硕士学位。目前已有95名内大本科生去北大选修课程，以后每年还将继续选派30余名本科生去北大学习一个学期，作为其四年本科学习的一个部分。